Fazer da ciência aberta uma realidade : relatório da OECD

oecdO OECD publicou um relatório sobre ciênca aberta “Making open science a reality”.

Ciência aberta pode ser considerada como um conceito mais amplo do acesso aberto para publicações e dados de pesquisas. Ciência aberta acontece em todas as etapas das pesquisas (o relatório tem um glossário).  Ela inclui também a interoperabilidade das infraestruturas científificas, metodologias compartilhadas e ferramentas para data mining. O relatório da OECD mostra as tendências recentes em políticas de ciências abertas em particular sobre as iniciativas para promover acesso aos resultados financiados  com fundos públicos (publicação e dados de pesquisas).

O relatório analisa também os papéis dos diferentes atores da ciência aberta : pesquisadores, ministérios dos governos, agência de amparo, universidades e institutos de pesquisas, bibliotecas, data center, repositórios, ongs privadas e fundações,  editores privados e comerciais em geral.

Organizações intergovernamentais (OECD, UNESCO, EU and Worldbank) tem um papel muito importante para a definição de acordos internacionais ou orientações sobre ciências abertas que poderão ser adotadas pelos países por exemplo. Essas organizações são muito atívas nesse domínio.

O relatório destaca as principais conclusões que mostram a importância da ciência aberta para melhorar a qualidade da ciência,  aumentar as colaborações que envolvem  pesquisas e sociedades e pode contribuir para um melhor impacto socio-econômico das pesquisas públicas.

Politicas de incetivo sobre dados abertos são menos estabelecidas do que aquelas sobre publicações. Elas são um princípio de base que devem ser adaptadas em função do domínio (medicina por exemplo ) e das realidades locais.

Iniciativas para promover ciência aberta para os pesquisadores são necessárias. É importante também desenvolver competências para gestão de dados.

O relatório menciona  os planos de  iniciativas sobre politicas do BRICS (Brasil, China e India) para ciênca aberta e data infraestrutura. É  importante para esses países porque a produção de conhecimento, pesquisa e desenvolvimento industrial estão em crescimento.

Desafios globais precisam também de um melhor acesso aos dados nacionais e consequentemente uma melhor cooperação  global.

O capítulo 2 apresenta o acesso aberto sobre publicações com o projeto “open citation advantage“, a duração do embargo em função das disciplinas e a porcentagem de artigos em  acesso livre, os diferentes meios do acesso livre, as novas métricas como Altmetrics e no final a importância da mineração de textos  e da propriedade intelectual. Aborda também o open peer review com a experiência do F1000Research.

O capítulo 3 destaca a situação dos dados abertos de pesquisa. A pesquisa científica é conduto pelos dados (data driven) e permite o desenvolvimento de experimentação como simulação com algaritmo, mesmo em domínio onde dados são menos incentivados. Os dados são também infraestrutura porque eles permitem a construção de vários sistemas para funcionar e responder as demandas de um painel de utilizadores. o Capítulo aborda também a citação de dados e a estrutura jurídica para compartilhar os dados.

O projeto ODE (Opportunity for Data Exchange) desenvolveu uma pirâmide para   visualizar as diferentes etapas da curadoria digital de dados.

O capítulo 4 apresenta a administração da ciência aberta : atores, tendências, e politicas. Os  governos  estabelecem incentivos para os dados governamentais abertos e infraestruturas como Data center, para estocar, curadoria e fornecer acesso nos dados.

A iniciativa do projeto europeu Openaire permite de fornecer um “cross-link” entre publicações , dados de pesquisas e esquemas de agência de amparo.

outros atores são citados como fundações e RDA (Research Data Alliance) criada em 2013 com apoio da NSF, NIST, união Européia e  governo da Austrália  para promover compartilhamento e reutilizabilidade dos dados . RDA é organizada com Working Groups e Interest Groups e tem agora 1600 aderentes de 70 países. O relatório citou também os editores comerciais como atores importantes

Tem  country notes : observações sobre a situação da ciência aberta em cada país no site Innovation Policy Platform  (ver as informações sobre Brasil)

Fonte : OECD (2015), “Making Open Science a Reality”, OECD Science, Technology and Industry Policy Papers, No. 25, OECD Publishing, Paris. http://dx.doi.org/10.1787/5jrs2f963zs1-en. Site Web https://www.innovationpolicyplatform.org/content/open-science.

 

Avaliação pelos pares de conjunto de dados (datasets) : quando, porque e como em geociências ?

Fonte : Mayernik, Matthew S. ; Callaghan, Sarah ; Leigh, Roland ; Tedds, Jonathan . Worley, Steven. Peer Review of Datasets: When, Why, and How. Bulletin of the American Meteorological Society 2014 ; e-View doi: http://dx.doi.org/10.1175/BAMS-D-13-00083.1.

Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/NASA_World_Wind
Moon – Hypsometric Map layer Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/NASA_World_Wind

Esse artigo mostra o papel central de avaliação pelos pares (peer-review) no sistema de comunicação cientifica e  como ele pode se aplicar na avaliação da qualidade dos datasets (conjuntos de dados) na área da meteorologia. A questão principal é a aplicabilidade da avaliação pelos pares sobre dados para manter qualidade e aumentar a reutilização deles.

Esse estudo faz parte do projeto PREPARDE (the Peer REview for Publication & Accreditation of Research Data in the Earth sciences) (1).

Muitos jornais tem instruções dizendo  que os dados devem ser disponíveis para cientistas, desde que eles peçam , mais na realidade isso pode ser muito dificil para cumprir. Avaliação pelos pares de dados não é muito bem definida ainda. Tem muitas barreiras como por exemplo, poucos pesquisadores podem avaliar dados e essa atividade pode levar muito tempo.

Os cenários explorados no artigo são :

  1. dados analisados dentro dos artigos científicos tradicionais :

    nessa situação os dados são vistos como um apoio logico para as conclusões do artigo de pesquisa

  2. dados publicados dentro de um jornal cientifico :

    Isso é comum em geociências : um artigo clássico apresenta um novo conjunto de dados. 11 dos 20 artigos mais citados das revista Bulletin of the American Meteorological Society são sobre dados. Esse tipo de « data paper » recebe a mesma avaliação do que os outros artigos de pesquisa, sem instruções especificas.
    A preocupação é de manter a perenidade dos dados e o link entre o artigo descrevendo eles através de parcerias entre bibliotecas e jornais com ferramenta de repositórios de dados (por exemplo http://rda.ucar.edu),  de « persistente identifier » como o DOI e da homogenização dos metadados. Esses link entre repositórios e jornais está crescendo rápido e os atores formam uma comunidade de avaliação de dados.

  3. Dados submetidos dentro de repositórios de dados abertos :

    Em geociências os repositórios de dados são criados para instituições ou para centros nacionais de dados. Esse tipo de avaliação é mais tecnica do que cientifica. Mais a situação esta evoluindo e tem repositórios que exigem uma avaliação do conjunto de dados antes de publicá-los.

    Os repositórios de dados tem expertise para implementar “data managment plan” que ensurre antes do deposito a qualidade e controle dos dados.

  4. Conjunto de dados publicados em data journals :

    Data journals são jornais que vão publicar data papers. Esses artigos vão descrever um conjunto de dados que vai ser disponibilizado dentro de um repositório explicando as condições de processamento, a coleção e formato de arquivos. Data papers são uma etapa para fornecer documentação sobre a qualidade e são também o primeiro passo entre utilisadores e produtores. Eles precisam ser avaliados. O artigo completo analisa três data journals :  Earth System Science Data (Copernicus), Geoscience, Data Journal (Wiley), and Scientific Data (Nature). Ver também o pos nesse blog Publicação dos dados em Data journals.

Avaliação de dados de pesquisa não é ainda bem definida. Portanto definir a qualidade de conjuntos de dados é uma tarefa multi-facetas que envolvem processamentos automáticos e manuais.

Adicionar dados de pesquisa dentro do sistema de publicação e avaliação aumenta o estresse sobre o sistema de publicação cientifica. Mais se é feito com preparação e antecedencia poderá aumentar a confiança aos conjuntos de dados individuais, reforçar o sistema de citação dos datasets e a transparência e traçabilidade dos dados e também das publicações.

1 PREPARDE http://www2.le.ac.uk/projects/preparde

Academic Torrents : um torrent para dados acadêmicos

Dois estudantes da Universidade de Massachusetts  abriram a plataforma  Academic Torrents que permite aos cientistas de compartilhar publicações e dados de pesquisa [1].  A diferência do outros repositorios de dados como  Zenodo, Dryad ou  Figshare, AcademicTorrents usa  o  protocolo bittorrent para oferecer recursos compartilhados (Peer to Peer ou P2P).  O site  indexa mais de  1.5 petabits de dados  [1] e mais de 6.91Tb de dados  disponiveis. Ele tem conteudo em destaque como :  o mapa de março da NASA, ou uma  copia de Wikipedia.

Com Academic Torrents é possivel buscar documentos, dados ou coleções. Em baixo as listas de  coleções :

Esse projeto e interessante porque ele oferece uma resposta no problema da disponibilização dos dados de pesquisa com gerência das instituições de pesquisas [2]. Os dados são repartilhadas no sites que carregarem os dados e o acesso é garantido mesmo sem site principal conectado. O maior problema pode ser as restrições de segurança de uso desse protocolo nas instituições de pesquisa ou universidades. Um cliente bit torrent é indispensavel para usar o site.

http://academictorrents.com/

[1] “Academics Launch Torrent Site to Share Papers and Datasets | TorrentFreak.” Accessed February 26, 2014. http://torrentfreak.com/academics-launch-torrent-site-to-share-papers-and-datasets-140131/.

[2] “Academic Torrents: Bringing P2P Technology to the Academic World.” MyScienceWork. Accessed February 26, 2014. https://www.mysciencework.com/news/11123/academic-torrents-bringing-p2p-technology-to-the-academic-world.

Publicação dos dados em Data journals

BDJ genomicdata

Uma melhor disseminação dos dados ciêntificos podem ajudar  a melhorar a qualidade dos dados  e transparência, e as colaborações para a produção dos dados  e permitir novas oportunidades de pesquisas em produzir dados  em uma escala maior e multidisciplinar. Nesse contexto aparecem os jornais de dados : “data journals”.

Os principios dos data journals são os seguintes : eles não contem  dados mais um novo tipo de publicação de “artigo cientifico” que são “data descriptors” que vai descrever o “data set” (conjunto de dados). Esse novo tipo de artigo é avaliado pelos pares e contem  uma parte textual como uma publicação tradicional e uma outra parte de descrição dos dados : metadados,

Os data sets não estão incluidos nos jormais mais poderão ficar em serviços como Dryad ou Figshare (Figshare  e um serviço de Digital Science, uma empresa do grupo de Nature).

Os dados como os “data descriptors” serão divulgados sobre uma  licença “open” creative commons.

Os editores se interessam na gestão e na divulgação dos dados de pesquisas.

O grupo Nature que publica a revista do mesmo nome vai lançar um novo serviço chamado « Scientific Data », uma plataforma que funciona no modelo de “Gold Open Access “(os autores pagam os custos de publicação). Scientific Data conterá descrição  textual, metadatas sobre data sets (conjunto de dados), primeiramente  em ciências biológicas, meio ambiente, biomedicina.

Alguns data journals :

  1. Scientific Data (Nature)
  2. Geoscience Data Journal
  3. CODATA Data Science Journal
  4. Earth System Science Data
  5. Journal of Chemical & Engineering Data (ACS Publications)
  6. Big Data
  7. Biodiversity Data Journal
  8. Genomics Data (Elsevier)
  9. O projeto de alexandria archive sobre datajournals
  10. Journal of Open Archaeology Data

Qual e o interesse para os autores ?

Os autores poderão valorizar o trabalho deles, permitindo o acesso aos outros pesquisadores que poderão usar e citar os dados, e talvez iniciar parcerias. Na ârea da ciência, as vezes, a produção de dados custa muito dinheiro e  é uma das maiores despesas das pesquisas. Já tem muito exemplos de laboratórios de pesquisas que usam os dados de outros laboratórios através de colaborações. O Thomson Reuters ja lançou o Data Citation Index para medir as citações de datasets.

Para os editores

É certo que os  “Data Descriptors” poderão ser produzidos para outras organizações que os editores “for profit”, mais de um outro lado,  os editores são especializados em  processo de avaliação pelos pares, indexação, valorização e os dados são um novo meio de desenvolvimento para eles.

Dados como artigos ?

Tem um risco que os editores aplicam o mesmo modelo econômico que para as revistas que levou  a essa situação atual : Os editores controlam a difusão dos conhecimentos cientificos e o  movimento do acesso livre “open access”  apareceu em reação a essa liderança. As instituições deverão  construir os próprios projetos para a avaliação de dados de pesquisa. Ja tem projeto com a Research Data Alliance, uma posicão da União Europeia e projeto sobre  data journals OpenScienceLink.

Lista de Data journals (update Junho 2017) : http://proj.badc.rl.ac.uk/preparde/blog/DataJournalsList

Candela, L., Castelli, D., Manghi, P. and Tani, A. (2015), Data journals: A survey. J Assn Inf Sci Tec, 66: 1747–1762. doi:10.1002/asi.23358 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/asi.23358/abstract

Dados de pesquisa ligados a publicações: Uma comparação de 4 principais ferramentas

Os Dados illusblogdatareposioriesde pesquisa são os dados produzidos como objetivo de pesquisa cientifica :  significa dados como fatos, observações , imagens, programas de computador, gravações,  ou experiências para o  argumento, teoria ou teste de hipóteses. Esses dados podem ser brutos, limpos ou ja com tratamento processado,  pode ser realizado em qualquer formato ou mídia [1].

Dados abertos de pesquisas  fazem parte do movimento para o  acesso livre. Ver a declaração do Berlim : Berlin Declaration on Open Access (2003).

As universidades e os orgãos institucionais estão divulgando regras para a conservação digital e a divulgação dos dados (em acesso livre ou não) [2]. O Projeto DataCite ajuda na identificação de 484 repositorios de dados de pesquisa atraves da lista de repositórios de dados [3]. Ver também Databib ou lista da universidade de Oregon [4] . Esses dados estão ligados a publicações cientificas que vão usa-los para os fins de demonstração de novos resultados.

Os editores  também estão adotando políticas para que os dados de pesquisa que são usadas em publicações estejam disponíveis. Ver o  Joint Data Archiving Policy (JDAP) [5].
Escolhi 4 projetos internacionais  (Dryad, Figshare, Pangea, ICPSR)  para divulgar os dados de pesquisa.  Os dados são de 2013.

Nome Tipo de projeto Temáticas Número de depósitos Relações com editores
Dryad nonprofit organization Biociências 2521 data packages , 6888 data files dados são associados com artigos de 182 journais.por exemplo :
Figshare private (Digital Sciences) com parceirias com universidades Todas nd __
Pangea universitario/ união européia observação da Terra, dos oceanos é do atmosfere Dados de mais de 100 projetos arquivos do jornal Earth System Science Data (ESSD)
ICPSR Inter-universidade Ciencias socias nd nd

 

nd : não determinado

Nome Formato de dados Metadados Licença
Dryad

Planilha eletrônica, ficheros planos, imagens, mapas…

Pricing (1st September 2013)

doi, titulo, jornal ,numero, volume, ano autores

, contato, résumo palavra-chave, nome taxonômico, localização geographica, geologia infomarção,titulo e descrição de dados, embargo

Creative Commons Zero (CC0)
Figshare todos tipos : imagens (figure) Planilha eletrônica, dataset, midia, fileset, artigo, poster, presentação Titulo

Autores

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DOI em previsão

Creative commons
Pangea todos tipos. Os arquivos são convertidas automaticamente AutoresTitulo

Descrição

palavra-chaves

Licença (diferentes CC)
identificação de projeto, instituição etc…

Artigo ligado : identificação com o DOI ou a citação completa

Creative commons
ICPSR formatos formulario Specifico em  Accesso livre

 

[*] Dryad tem varias editores participantes

Accesso o documento no Google Docs 

[1] The University of Melbourne draft policy on the Management of Research Data
OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from Public Funding.

[2] Ten recommendations for libraries to get started with research data management. Liber Group. 2012

[3] Datacite.org

[4] Databib ou lista da universidade do Oregon

[5] Joint Data Archiving Policy (JDAP)