Novas ferramentas para pesquisadores : mudança do workflow

Na hora da transmissão numérica os cientistas poderiam ser desorientados para a multiplicação das ferramentas que aparecem na internete. Essas ferramentas podem ser usadas por um painel de acões amplas, na área professional como pessoal. A oferta é muito grande. Como conhecer, comparar e avaliar as ferramentas disponíveis ? Quais são as tendências de uso ? [L’Hostis 2015 ] .

O site : Innovations in Scholarly Communications. Changing research workflows da Universidade do Ultrecht (Holanda) apresenta um levantamento internacional para conhecer os usos efetivos das ferramentas para os cientistas. Mais de 550 ferramentas são apresentadas e descritas com uma apresentação gráfica original.

O público-alvo do levantamento são os atores da ciência : estudantes, pesquisadores e professores ou pessoas em apoio as pesquisas. Ele ficará ativo até feveireiro 2016. Mais de 4000 pessoas já responderam.  As 1000 primeiras respostas são online. Elas confirmam o uso  cada vez maior das redes socias como ferramentas (em destaque Google Scholar,  ResearchGate, Twitter) e os usos das ferramentas institucionais. Os responsáveis do projeto esperam identificar os hábitos em função de varios parámetros : disciplinas, paises, ….

Por exemplo, a questão : “qual site ou ferramenta você usa para acesso na literatura ?” tem as respostas seguintes :

101 innovations
fonte https://101innovations.files.wordpress.com/2015/06/typeform-1000-access.png

Outra originalidade é a apresentação do tipo de workflow possiveis em função das ferramentas usadas : tradicionais, modernas, open science,  inovantes, experimentais.

101innovationstypicalworkflow

O site lista por tipo de atividade as tendencias, espectativas, oportunidades desafios sobre desenvolvimentos das ferramentas e os usos.

O  poster :101 Innovations in Scholarly Communication – the Changing Research Workflow (abaixo) apresentado pelos responsáveis do projeto na conferência Force2015  (Oxford, Janeiro 2015) sintetisa os resultados.

101innovations

 

 

 

 

 

 

Réferências

Wiki França-Brasil sobre Ciência, Inovação e Sociedade

As pesquisas precisam de  interações intensivas através  de uma multidão de atores, com expertisa diferentes que vem de disciplinas diferentes. O assunto da pesquisa colaborativa serve para criar modelos estabelecidos com tecnologias próprias para ajudar essas interações [1]. As ferramentas como os wikis ou os blogs  são indicados para uma escritura colaborativa e construir uma reflexão coletiva para ampliar os trabalhos dos pesquisadores ou dos analistas   [2].

O projeto :  Criado no incentivo do Instituto de Estudos Avançados em Ciência e Tecnologia (IHEST), Este Wiki responde ao desejo de promover a troca de idéias entre o Brasil e a França no campo dos relacionamentos entre a ciência e a sociedade.

Seu objetivo é desenvolver uma perspectiva original franco-brasileira para abrir as relações entre ciência e sociedade em rede, neste processo, especialistas de todas as origens e leigos advertem em uma abordagem multidisciplinar : ciências fundamentais, tecnologias e sociais.

Este Wiki [3] aborda, entre outras, as questões seguintes : Como são consideradas as relações entre ciência, inovação, sociedade em ambos os dois países ? Quais são os termos de uma comparação ? Quais são os pontos onde o Brasil e a França são diferentes ? Quais são os objetivos de desenvolvimento, atender as estratégias nacionais em Ciência, Tecnologia e Inovação ? A quais desafios societais eles respondem ?

O wiki incentiva as contribuições, reflexões compartilhadas, feedback que se encaixam no espírito de IHEST : comparar as opinões para criar uma cultura de ciência e inovação com o respeito das diferenças.

O site é baseado no Semantic mediawiki e usa a mesma ferramenta  colaborativa do que wikipedia mais com funções semânticas. O funcionamento  de publicação é também diferente (ler as instruções para os autores).

– Cada autor registrado  são atores do site e  podem criar ou modificar qualquer página e escrever um comentário. A moderação é coletiva e  funciona depois da publicação (avaliação a posteriori). Cada página tem um histórico de modificação.

-“wikificação” dos textos ja publicados : um texto ja publicado pode ficar colocado dentro do wiki. Isso permite um enriquencimento dos textos : atualização, comentários, link, imagens, bibliografias…

Os textos são acessíveis  através de categorias temáticas, de um motor de busca  ou por tipo de documento :

  • Análises : análise temática
  • Dados :  dados  escolhidos que monstra comparação entre a França e o Brasil
  • Esboço : Rascunho ou inicio de texto
  • Publicação :  artigo ou capitulo de livro ja publicados
  • Fontes : referências bibliográficas  essenciais de uma temática

 

ihestnavigation

Bilinguismo e navegação 

As páginas são em françês e em português e não tem necessariamente tradução  completa correspondente. Cada página é  indexada com uma categoria temática com acesso que aparece na página de entrada do site.

Esse wiki em versão beta ja recebeu mais de 53 500 páginas visitadas e deverá se desenvolver através de colaborações com universidades, editores de revistas e organizações na França e no Brasil.

contato : Pascal.Aventurier, Christelle Tallon (IHEST)

[1]  Romano P.,  Giugno R., Pulvirenti A. (2011). Tools and collaborative environments for bioinformatics research. Briefings in Bioinformatics, 12 (6), 549-561. http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbr055.

[2] The future of publishing will be shaped by a more dynamic social reading experience. http://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2013/04/08/the-future-of-the-book-is-the-future-of-soc/

[3] http://france-bresil.ihest.eu/

Publicação dos dados em Data journals

BDJ genomicdata

Uma melhor disseminação dos dados ciêntificos podem ajudar  a melhorar a qualidade dos dados  e transparência, e as colaborações para a produção dos dados  e permitir novas oportunidades de pesquisas em produzir dados  em uma escala maior e multidisciplinar. Nesse contexto aparecem os jornais de dados : “data journals”.

Os principios dos data journals são os seguintes : eles não contem  dados mais um novo tipo de publicação de “artigo cientifico” que são “data descriptors” que vai descrever o “data set” (conjunto de dados). Esse novo tipo de artigo é avaliado pelos pares e contem  uma parte textual como uma publicação tradicional e uma outra parte de descrição dos dados : metadados,

Os data sets não estão incluidos nos jormais mais poderão ficar em serviços como Dryad ou Figshare (Figshare  e um serviço de Digital Science, uma empresa do grupo de Nature).

Os dados como os “data descriptors” serão divulgados sobre uma  licença “open” creative commons.

Os editores se interessam na gestão e na divulgação dos dados de pesquisas.

O grupo Nature que publica a revista do mesmo nome vai lançar um novo serviço chamado « Scientific Data », uma plataforma que funciona no modelo de “Gold Open Access “(os autores pagam os custos de publicação). Scientific Data conterá descrição  textual, metadatas sobre data sets (conjunto de dados), primeiramente  em ciências biológicas, meio ambiente, biomedicina.

Alguns data journals :

  1. Scientific Data (Nature)
  2. Geoscience Data Journal
  3. CODATA Data Science Journal
  4. Earth System Science Data
  5. Journal of Chemical & Engineering Data (ACS Publications)
  6. Big Data
  7. Biodiversity Data Journal
  8. Genomics Data (Elsevier)
  9. O projeto de alexandria archive sobre datajournals
  10. Journal of Open Archaeology Data

Qual e o interesse para os autores ?

Os autores poderão valorizar o trabalho deles, permitindo o acesso aos outros pesquisadores que poderão usar e citar os dados, e talvez iniciar parcerias. Na ârea da ciência, as vezes, a produção de dados custa muito dinheiro e  é uma das maiores despesas das pesquisas. Já tem muito exemplos de laboratórios de pesquisas que usam os dados de outros laboratórios através de colaborações. O Thomson Reuters ja lançou o Data Citation Index para medir as citações de datasets.

Para os editores

É certo que os  “Data Descriptors” poderão ser produzidos para outras organizações que os editores “for profit”, mais de um outro lado,  os editores são especializados em  processo de avaliação pelos pares, indexação, valorização e os dados são um novo meio de desenvolvimento para eles.

Dados como artigos ?

Tem um risco que os editores aplicam o mesmo modelo econômico que para as revistas que levou  a essa situação atual : Os editores controlam a difusão dos conhecimentos cientificos e o  movimento do acesso livre “open access”  apareceu em reação a essa liderança. As instituições deverão  construir os próprios projetos para a avaliação de dados de pesquisa. Ja tem projeto com a Research Data Alliance, uma posicão da União Europeia e projeto sobre  data journals OpenScienceLink.

Lista de Data journals (update Junho 2017) : http://proj.badc.rl.ac.uk/preparde/blog/DataJournalsList

Candela, L., Castelli, D., Manghi, P. and Tani, A. (2015), Data journals: A survey. J Assn Inf Sci Tec, 66: 1747–1762. doi:10.1002/asi.23358 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/asi.23358/abstract

LusOPenEdition

lusopendition

O projeto LusOpenEdition é um projeto orientado em ciências sociais e humanas. Ele disponibiliza à comunidade científica lusofona quatro plataformas de publicação e de informação em ciências sociais e humanas, de âmbito internacional. :
* Books – Coleções de livros
* Revues.org – Revistas em acesso livre
* Calenda – Agenda de evento em ciências sociais e humanas
* Hypotheses – Cadernos de investigação. (Os Cadernos de hypotheses são blogs com WordPress).

LusOpenEdition é a versão portuguese de um projeto françês OpenEdition do Centre pour l’édition électronique ouverte (Cléo – UMS 3287). A versão portuguesa ganha mais dois parceiros : CRIA e a Fundação Calouste Gulbenkian.

Os serviços de Open Edition e os interesse dos cientistas para os contéudo dessa plataforma faz que  ela garanta um impacto cientifico e uma visibilidade dentro das comunidades que olham a plataforma OpenEdition. Aqui estamos bem longe do factor de impacto para avaliação da qualidade dos textos científicos. Um fator importante e que tem profissionais para acompagnar os editores e os cientistas que escrevem nos cadernos..

O revue.org  e uma plataforma completa para a geração de jornais científicos.

O Hypothese  apresenta blogs onde o processo de publicação cientifiçà pode ser experimentado como comentários sobre artigos já publicados,   consolidação de textos antes da submissão a um jornal, e nota de leituras para divulgar um ponto de visto original sobre um artigo.

O OpenEdition Freemium e um novo modelo de acesso livro, que e muito interessante.
Os conteúdos dos jornais e cadernos são em acesso livre, mais as universidades ou instituções, podem participar – Atraves dos serviços de bibliotecas-  para dar mais serviços aos usurários deles.
O serviços da opção freemium são apresentados em seis grupos (ver o site).  Entre eles,  para usurários : acesso aos artigos em vários formatos, formações, para bibliotecas, : recuperação de dados bibliográficos, estatísticas de consultação no formado Counter participação em manifestação como ThatCamp Paris.

Esse modelo tem o vantagem de colocar as bibliotecas no centro do processo de promoção do acesso livre.

Fontes :

PeerJ : novo modelo para jornais em acesso livre

peerjlogo

 

PeerJ e um jornal cientifico com um processo de avaliacao pelos pares, em ciências  medicinais  e biológicas  criado por um editor do Plos One e uma outra pessoa  do  Mendeley (1). O PeerJ recebeu apoio do fundo de  O’Reilly Alpha­TechVentures em San Francisco.

Esse jornal esta em acesso livre e segue o modelo “via ouro” (gold road) : os artigos estão disponiveis  em acesso livre para os leitores  mais os autores pagam. Só que na maioria dos casos eles pagam entre $1000 e $3000   para a difusão de cada artigo. Por exemplo, o preço para publicar na revista Plos One é de $1 350.

No PeerJ cada usuário paga  só uma vez $ 299 por um numero ilimitado de submissões  e de artigos aceitos, ou $199 ou $99 para um numero de submissões limitado por ano. Esses preços são majorados de $50 (ver a pagina pricing) se os autores pagam depois que o primeiro artigo e aceito. Todos os autores do artigo devem ser registrado e pagam dentro do limite de 12 autores (se tem mais autores, eles não precisam ser registrados).

Cada autor deve também fazer uma revisão de artigo pelo menos uma vez por ano, se não o Peerj pode decidir que ele deve pagar  $99 para a reativação do membership.  Revisão pode ser  também um comentário informal no PeerJPreprint ou sobre um artigo já aceito (ver a FAQ em inglês).

O sistema de avaliação dos artigos e avaliação por pares (peer review).  E possivel conhecer os  editores acadêmicos  (que tem a funcão de editor para uma especialidade) através  dos perfis, o PeerJ funcionando também como uma rede social,  criando uma comunidade.

Todos os artigos são em acesso livre, para leitura e reutilisação. Os autores guardam o copyright a “CC-BY 3.0” license. Os artigos são arquivados com sistemas clássicos  :   PubMedCentral and CLOCKSS).

Tem também possibilidade de submeter um preprint in PeerJ Preprints. Uma funcionalidade  interessante e que o preprint pode ser publico ou privado,compartilhado só com algumas pessoas. Os cientistas em biologia tradicionalmente não usam muito os preprint.

Uma vez que o artigo e aceito, tem possibilidade de adicionar conteúdo como comentários da avaliação.

Desde a data de lançamento do PeerJ , dia 12 de fevereiro, há 51 artigos publicados. Cada artigo tem dados sobre numero de visitantes e  numero de visitas,  alem dos dados de divulgação nas redes sociais : Facebook, Linkedin, Twitter (ver figura).

peerjarticle36-1

peerj-article36

Neste momento o Peerj não tem fator de impacto porque ele não esta indexado no Web of Science e não tem mais de 3 anos de existência para ser candidato no fator de impacto do JCR. Mais ele é indexado no Google Scholar e Pubmed. Vamos seguir esse jornal no futuro. Ele já fez uma divulgação importante através de vários  artigos de apresentação em jornais [2-3].

1 http://en.wikipedia.org/wiki/PeerJ
2 Journal offers flat fee for ‘all you can publish. Nature. 12 june 2012.  http://www.nature.com/news/journal-offers-flat-fee-for-all-you-can-publish-1.10811
3 PeerJ leads a high-quality, low-cost new breed of open-access publisher. http://www.guardian.co.uk/science/blog/2013/feb/12/peerj-open-access-academic-publisher

Dados de pesquisa ligados a publicações: Uma comparação de 4 principais ferramentas

Os Dados illusblogdatareposioriesde pesquisa são os dados produzidos como objetivo de pesquisa cientifica :  significa dados como fatos, observações , imagens, programas de computador, gravações,  ou experiências para o  argumento, teoria ou teste de hipóteses. Esses dados podem ser brutos, limpos ou ja com tratamento processado,  pode ser realizado em qualquer formato ou mídia [1].

Dados abertos de pesquisas  fazem parte do movimento para o  acesso livre. Ver a declaração do Berlim : Berlin Declaration on Open Access (2003).

As universidades e os orgãos institucionais estão divulgando regras para a conservação digital e a divulgação dos dados (em acesso livre ou não) [2]. O Projeto DataCite ajuda na identificação de 484 repositorios de dados de pesquisa atraves da lista de repositórios de dados [3]. Ver também Databib ou lista da universidade de Oregon [4] . Esses dados estão ligados a publicações cientificas que vão usa-los para os fins de demonstração de novos resultados.

Os editores  também estão adotando políticas para que os dados de pesquisa que são usadas em publicações estejam disponíveis. Ver o  Joint Data Archiving Policy (JDAP) [5].
Escolhi 4 projetos internacionais  (Dryad, Figshare, Pangea, ICPSR)  para divulgar os dados de pesquisa.  Os dados são de 2013.

Nome Tipo de projeto Temáticas Número de depósitos Relações com editores
Dryad nonprofit organization Biociências 2521 data packages , 6888 data files dados são associados com artigos de 182 journais.por exemplo :
Figshare private (Digital Sciences) com parceirias com universidades Todas nd __
Pangea universitario/ união européia observação da Terra, dos oceanos é do atmosfere Dados de mais de 100 projetos arquivos do jornal Earth System Science Data (ESSD)
ICPSR Inter-universidade Ciencias socias nd nd

 

nd : não determinado

Nome Formato de dados Metadados Licença
Dryad

Planilha eletrônica, ficheros planos, imagens, mapas…

Pricing (1st September 2013)

doi, titulo, jornal ,numero, volume, ano autores

, contato, résumo palavra-chave, nome taxonômico, localização geographica, geologia infomarção,titulo e descrição de dados, embargo

Creative Commons Zero (CC0)
Figshare todos tipos : imagens (figure) Planilha eletrônica, dataset, midia, fileset, artigo, poster, presentação Titulo

Autores

Categoria

Tags

Descrição
DOI em previsão

Creative commons
Pangea todos tipos. Os arquivos são convertidas automaticamente AutoresTitulo

Descrição

palavra-chaves

Licença (diferentes CC)
identificação de projeto, instituição etc…

Artigo ligado : identificação com o DOI ou a citação completa

Creative commons
ICPSR formatos formulario Specifico em  Accesso livre

 

[*] Dryad tem varias editores participantes

Accesso o documento no Google Docs 

[1] The University of Melbourne draft policy on the Management of Research Data
OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from Public Funding.

[2] Ten recommendations for libraries to get started with research data management. Liber Group. 2012

[3] Datacite.org

[4] Databib ou lista da universidade do Oregon

[5] Joint Data Archiving Policy (JDAP)

Avaliação por pares sem editores (1) : Peerageofscience.org

O sistema de avaliação por  pares peer-review esta sendo organizado por cada jornal cientifico. O editor chefe de cada jornal esta organizando a avaliação dos artigos científicos submetidos e aceitos por eles ou não para revisão. Se é o caso ele vai mandar os textos anonimamente por avaliadores  que são outros cientistas e usar os comentários e correções  deles, que seguem critérios rigorosos para recusar,  mandar para os autores corrigirem o texto  se  necessário, ou aceitar a publicação.

Novos serviços envolvem universidades, revistas e sociedade cientificas estão  surgindo,eles oferecem novos serviços para a avaliação pelos pares e submição dos manuscritos , uma comunidade de cientistas para avaliar os manuscritos.

Peerageof science  é um projeto de 3 pesquisadores finlandeses, com  apoio da University of Jyväskylä e University of Eastern Finland. O site foi premiado pelo of ALPSP Award for Publishing Innovation 2012.
Mais de 1000 pesquisadores de 300 instituições e 45 paises são avaliadores do site,
20 jornais estão participando, na área da biológica, 57 manuscritos já foram avaliados desde 22 novembro de 2011, e recebem 2,3 revisãos em media.  Quando o artigo e submetido em função das palavras chaves dos autores; os avaliadores são informados. Há anotações dos avaliadores sobre a qualidade dos textos submetidos (PEQ) e o  artigo final (PAQ). Editores dos jornais parceiros do site podem fazer ofertas de publicaçoes aos autores.  E difícil de saber como  o modelo econômico vai evoluir, mais ele poderá envolver avaliadores que podem receber dinheiro. Jornais que até agora não pagaram nada poderão participar no futuro.

Um artigo publicado numa jornal
Um artigo publicado no jornal ” Evolutionary Ecology”

 

 

As vantagens são para os editores e autores :
Os editores como Carsten Rahbek, editor-in-chief of Ecography  (Wiley), tem o mesmo problema dos editores do jornal journal editors.  Com a explozão dos numeros de artigos submetidos eles tem o problema maior de achar pesquisadores para avaliação dos artigos e a qualidade esta diminuindo. Ele escolheu o Peerageofscience para avaliação. [1]
Os autores submetem os artigos deles uma vez so, depois as correções sobre o artigos são feitas dentro do site. Eles também não precisam escolher o jornal de publicação antes da submissão do artigo.

Com esta funcionando [1] ?

Um pesquisador pode upload um manuscrito, palavra-chave,  e um comentário explicando porque os pares devem  rever ele no Peerage of Science. O manuscrito esta anonimo e só os pesquisadores que tem inscrição no site pode ver ele. Um e-mail  esta sendo de maneira anonima nos  revisores potenciais sem as palavra-chaves do manuscrito concorda com as áreas de expertise deles. Após a revisão do artigo pares podem dar uma nota de 1 a 5 sobre a qualidade da revisão dos outros. Depois os editores da revista podem fazer oferta de publicação aos autores

Cientistas (pesquisadores) recebem um credito para cada revisão de artigo. Submeter um manuscrito no site custa 2 creditos. Assim se os autores querem a revisão  dos textos deles devem fazer revisão antes.

Se o revisor da publicação concorda a revisão pode ser publicada no journal Proceedings of Peerage of Science. Assim o cientista pode aumentar  a reputação. O site e de graça atualmente. No futuro  os jornais deverão pagar para acessar no site mais o custo devera estar mais barato do que o custo dos editores científicospara fazer a coordenação do sistema de revisão.

Esse serviço funciona por enquanto em Ecologia mais podem ser expandido em outras áreas.

Este tipo de site e muito interessante mais alguns problemas na minha opinião não são resolvidos.
Como os autores poderem dizer que  não querem tal pesquisador para avaliação ?
Como formatar o texto no padrão do jornal final ? Cada um tem um formato diferente (discussão, referencias bibliográficas, …)

Comentários bem-vindos

[1] Online Social Network Seeks to Overhaul Peer Review in Scientific Publishing http://news.sciencemag.org/scienceinsider/2012/01/online-social-network-seeks-to.html

Ver também A New Way for Journals To Peer Review Papers? http://www.sciencemag.org/content/335/6067/385.1.full

O que será o artigo do futuro ?

Article of the future é um projeto da editora Elsevier para criar  protótipo do artigo do futuro. E muito interessante porque esse protótipo   funciona com revistas de 7 áreas científicas diferentes dessa forma todos podem ver as evoluções do projeto e comentar.

Um artigo do futuro permite  ler o artigo com varios formatos e  terminais (além do PDF). Ele tem :

  • um “hightlight” parte para apresentar os pontos mais interessantes  do artigo (e assim ganhar tempo para a leitura,um resumo gráfico   para entender o assunto do artigo,
  • mais possibilidade de navegação (figuras, graficos),
  • mais conteúdo : com explicações sobre matérias, metodos,
  • mais interações com aplicações existentes .

Veja esse exemplo com o artigo : ” Exposed proteins of the Schistosoma  japonicum tegument. International Journal of parasitology”. http://www.articleofthefuture.com/S0020751909003920/

exemplo articleofthefuture-proteine
As evoluções estão sobre apresentação, conteúdo e contexto.
Apresentação: um artigo têm três painéis que separa navegação (painel esquerdo) e de valor adicionado e valorizado (painel direito) do artigo principal (painel do meio).

A navegação contem  tabela de conteúdos, miniaturas conteúdo : com aplicações interativas como Google Maps para substituir  imagens de mapas estaticas

Contexto : o leitor podera escolher uma informação para ve-la em outra aplição usando as
possibilidades do painel direito.

Também tem possibilidade para ver e analisar os dados da pesquisa e acessar aos repositórios de dados e conjuntos de dados de avaliação para ajudar os pesquisadores avaliar e comparar os modelos e algoritmos. ver o exemplo com outro artigo :
http://www.articleofthefuture.com/S0020025510002756/#datarepo-item1

Os artigos já estão disponíveis em Sciverse Science Direct (a plataforma de revistas da editora).
Acesso o projeto : http://www.articleofthefuture.com