Wiki França-Brasil sobre Ciência, Inovação e Sociedade

As pesquisas precisam de  interações intensivas através  de uma multidão de atores, com expertisa diferentes que vem de disciplinas diferentes. O assunto da pesquisa colaborativa serve para criar modelos estabelecidos com tecnologias próprias para ajudar essas interações [1]. As ferramentas como os wikis ou os blogs  são indicados para uma escritura colaborativa e construir uma reflexão coletiva para ampliar os trabalhos dos pesquisadores ou dos analistas   [2].

O projeto :  Criado no incentivo do Instituto de Estudos Avançados em Ciência e Tecnologia (IHEST), Este Wiki responde ao desejo de promover a troca de idéias entre o Brasil e a França no campo dos relacionamentos entre a ciência e a sociedade.

Seu objetivo é desenvolver uma perspectiva original franco-brasileira para abrir as relações entre ciência e sociedade em rede, neste processo, especialistas de todas as origens e leigos advertem em uma abordagem multidisciplinar : ciências fundamentais, tecnologias e sociais.

Este Wiki [3] aborda, entre outras, as questões seguintes : Como são consideradas as relações entre ciência, inovação, sociedade em ambos os dois países ? Quais são os termos de uma comparação ? Quais são os pontos onde o Brasil e a França são diferentes ? Quais são os objetivos de desenvolvimento, atender as estratégias nacionais em Ciência, Tecnologia e Inovação ? A quais desafios societais eles respondem ?

O wiki incentiva as contribuições, reflexões compartilhadas, feedback que se encaixam no espírito de IHEST : comparar as opinões para criar uma cultura de ciência e inovação com o respeito das diferenças.

O site é baseado no Semantic mediawiki e usa a mesma ferramenta  colaborativa do que wikipedia mais com funções semânticas. O funcionamento  de publicação é também diferente (ler as instruções para os autores).

– Cada autor registrado  são atores do site e  podem criar ou modificar qualquer página e escrever um comentário. A moderação é coletiva e  funciona depois da publicação (avaliação a posteriori). Cada página tem um histórico de modificação.

-“wikificação” dos textos ja publicados : um texto ja publicado pode ficar colocado dentro do wiki. Isso permite um enriquencimento dos textos : atualização, comentários, link, imagens, bibliografias…

Os textos são acessíveis  através de categorias temáticas, de um motor de busca  ou por tipo de documento :

  • Análises : análise temática
  • Dados :  dados  escolhidos que monstra comparação entre a França e o Brasil
  • Esboço : Rascunho ou inicio de texto
  • Publicação :  artigo ou capitulo de livro ja publicados
  • Fontes : referências bibliográficas  essenciais de uma temática

 

ihestnavigation

Bilinguismo e navegação 

As páginas são em françês e em português e não tem necessariamente tradução  completa correspondente. Cada página é  indexada com uma categoria temática com acesso que aparece na página de entrada do site.

Esse wiki em versão beta ja recebeu mais de 53 500 páginas visitadas e deverá se desenvolver através de colaborações com universidades, editores de revistas e organizações na França e no Brasil.

contato : Pascal.Aventurier, Christelle Tallon (IHEST)

[1]  Romano P.,  Giugno R., Pulvirenti A. (2011). Tools and collaborative environments for bioinformatics research. Briefings in Bioinformatics, 12 (6), 549-561. http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbr055.

[2] The future of publishing will be shaped by a more dynamic social reading experience. http://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2013/04/08/the-future-of-the-book-is-the-future-of-soc/

[3] http://france-bresil.ihest.eu/

Minicursos para escrever a ciência

blog Early writing. http://peterblakeboroughsblog.blogspot.com.br/2012/10/ancient-writing.html
Escrita indecifrada
mais antiga

O Prof. Dr. Valtencir Zucolotto, Membro Afiliado da Academia Brasileira de Ciências (ABC) oferece no seu site  http://escritacientifica.com minicursos e videoaulas sobre a redação cientifica.
As apostilas, a maioria em inglês  e com exemplos, são dividos em duas partes : “Exatas, Biomédicas e Engenharia” e “Administração, Economia e Contabilidade”

As videoaulas são as seguintes

 

Mapas globais da ciência no Brazil 2012 e 2010

Os mapas seguintes mostram uma analise  de todos os artigos  do web of Sciences (WOS) com pelo menos um autor trabalhando num laboratório brasileiro.

O WOS  classifica os jornais em categorias temáticas (Subject categories). Ha mais de 200  diferentes. VETERINARY SCIENCES , AGRONOMY e PUBLIC ENVIRONMENTAL OCCUPATIONAL HEALTH or exemplo. Cada jornal pode ser indexado com varias  categorias (4 max).

A tabela abaixo mostra o número depublicações e dados para as 4 categorias principais :

WOS 2010 WOS 2012
33253 referencias 37932 referencias
Main Subject category , number, purcent of total
Main Subject category , number, purcent of total
VETERINARY SCIENCES 1285 3.864
AGRONOMY 1169 3.515
PUBLIC ENVIRONMENTAL OCCUPATIONAL HEALTH 1122 3.374
BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY 1085 3.263
PUBLIC ENVIRONMENTAL OCCUPATIONAL HEALTH 1540 4.060
VETERINARY SCIENCES 1490 3.928
BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY 1325 3.493
PLANT SCIENCES 1198 3.158

 

Os mapas presente em baixo seguem a metodologia do artigo” Global Maps of Science Based on the New Web-of-Science Categories. 2010. JASIST.[1].  A metodologia que expliqua como usar o software VosViewer é explicada no documento : “A User-friendly Method for Generating Overlay Maps.” [2]

 

Global mapa das ciências : Brazil 2012
 Mapa das ciências do Brazil 2012
Global mapa das ciências : Brazil 2010
Global mapa das ciências : Brazil 2010
Os mapas representam as tematicas com a mesma intensitade pois e mais facil comparar as evoluções . Por exemplo : “Public Environnemental Science” foi a categoria mais importante em 2012 e em 2010  Veterinary sciences.

[1] Rafols, Ismael, Alan L. Porter, and Loet Leydesdorff. “Science Overlay Maps: a New Tool for Research Policy and Library Management.” Journal of the American Society for Information Science & Technology 61, no. 9 (2010): 1871–1887.

[2]Leydesdorff, Loet, Ismael Rafols, and Stephen Carley. “Global Maps of Science Based on the New Web-of-Science Categories.” Scientometrics, In Press. http://arxiv.org/abs/1202.1914.
[3] Riopelle, Ken. “A User-friendly Method for Generating Overlay Maps.” Http://www.leydesdorff.net, 2012. http://www.leydesdorff.net/overlaytoolkit/.

Sobre o artigo “que tem medo do peer-review ?” publicado na revista Science

O fato :

Um artigo falso foi submetido a várias revistas científicas de acesso aberto para avaliação pelos pares. Esse artigo foi aceito pela maioria das revistas em acesso aberto – 157 de 304 revistas para onde o artigo foi enviado. Algumas dessas revistas pertecem a editores internacionais como a Sage e a Elsevier.

O artigo desse escândalo e o seguinte:

Bohannon, John. 4 October 2013. Who’s Afraid of Peer Review? Science :Vol. 342 no. 6154 pp. 60-65.DOI: 10.1126/science.342.6154.60.

O artigo falso decreve uma propriedade anticâncer de uma substância química que os autores dizer ter extraído de uma líquen.

Normalente, esse artigo deveria ser recusado por qualquer um que conhece um pouco de química e de análise de dados. Além disso, o artigo conclui que os resultados não tem muito importância.

O artigo na revista Science descreve e detalha várias práticas das revistas para detectar artigos falsos. E as conclusões são muito interesantes :

Existem revistas Open Access que são predatores do sistema, implementado inicialmente para permitir o acesso livre aos artigos, sem alterar o artigo dos jornais. As maoria dessas revistas não tem a mesma localização do responsável editorial das revistas, o país para pagamento e o editor.

Essas revistas consideradas predatores são conhecidas e listadas por um critério muito claro establicido por Jeffrey Beall, um bibliotecário americano :

Beall’s List: Potential, possible, or probable predatory scholarly open-access publishers.

O DOAJ (Directory of Open Access Journals) é o site de referência com a lista de todas as revistas Open Access. O artigo na Science questiona os critérios do DOAJ e também da lista de Jeaffrey Beall poeque algumas das revistas que aceitaram o artigo estão no diretório da DOAJ e também na lista de Jeaffrey Beall. Veja a figura abaixo.

Peer review reviewed. Few journals did substantial review that identified the paper's flaw

Peer review reviewed. Few journals did substantial review that identified the paper’s flaw”CREDIT: C. SMITH/SCIENCE” http://www.sciencemag.org/content/342/6154/60/F3.expansion.html

 

O mais interessante ainda são alguns dos comentérios nesse artigo :

O Jean-Claude Guedon, um dos iniciadores do movimento  Open Access e que também assinaou a Declaração  de Budapest, em feivero de  2002, [1] diz que os pesquisadores tem cada vez muita pressão para publicar, « publish or perish ».  As revistas Open Access cobram dos autores os custos da publicação, APC (Article Publication Charge) e esses são uma parte pequena dos meios para a difusão dos artigos de acesso livre. JC Guedon acredita que os gorvenos poderiam organisar um sistema de avaliação dos artigos cientificos para que retirar esse papel das mãos das sociedades privadas e comercias.

A OASPA (Open Access Scholarly Publishers Association) foi criada para manter o nível da qualidade na revistas de acesso aberto e, lembrou que, a associação fez uma comunicação sobre esse artigo por uma comunicação e que tem regras rígidas para se entrar na associação. A associação monstrou algumas reservas quanto ao fato do artigo falso não ter sido submetido às revistas tradicionais (o editor chefe da Science também monstrou essa limitação) e sobre os critérios adotados por Beall e o DOAJ para selecionar as revistas. O artigo falso foi enviado princilpameente para  revistas de baixa qualitade. A associação tem interesse em usar os dados da pesquisa do artigo da Science para elaborar mais algumas conclusões e verificar a existência de editores na associação que possam ser incriminados.

Outras observações pertinentes, são os commentários de 4 de outubro feitos por  Audrey  na declaração da OASPA embora não menciona um caso anterior de submissão de artigo generado automaticamente pelos sites Mathgen ou Scigen e enviado para revista tradicionais. O artigo de Bohannon na revista Science falta refêrencias  de casos antigos de artigos falsos submetidos.

A COPE Comittee On Publication Ethics  também escreveu  sobre o artigo de Bohannon [3]. Na parte construtiva  do documento, a COPE lembra da suas diretrizes quanto à avaliação pelos pares e monstra a sua intenção de olhar mais profondamente o funcionamento da avaliação dos editores que pertencem a COPE. “journals or publishers who do not share COPE’s values have no place as members”. diz o documento.

No meu trabalho como profisional da informação, observei que na área de Ciências para a Vida, existem revistas de acesso aberto com comportamento fraudulento que prejudicam muito o movimento de acesso aberto.  Os pesquisadores costumam receber solicitações por e-mail para fazer parte da equipe editorial dessas revistas, avaliar os artigos e publicar. É necessário que os pesquisadores fiquem alertas e reconheçam rapidemente a qualidade de revistas novas.

[1]  Open Access du rêve au cauchemar ? l’avis de J-C Guédon. interview par  Sylvestre Huet, journaliste à Libération
http://sciences.blogs.liberation.fr/home/2013/10/open-access-du-r%C3%AAve-au-cauchemar-bis.html

[2] OASPA has published a statement in response to this article : http://oaspa.org/response-to-the-recent-article-in-science/

[3] COPE response to Science paper submission of fake paper, by Virginia Barbour, on behalf of COPE council. http://publicationethics.org/news/cope-response-science-paper-submission-fake-paper-virginia-barbour-behalf-cope-council

Um estudo mostra que 50% dos artigos são acessiveis em open access

A Comissão Europeia publicou um  relatório para medir a porcentagem de publicação em acesso aberto . O estudo mostra resultados com mais de 22 disciplinas cientificas  entre os anos 2004 a 2011, para mais de  40 países incluindo o  Brasil, Canadá, Japão, USA e os países europeus.  Ele mostrou que 2011 é o ponto de mudança onde mais de 50% das publicações estavam em acesso aberto em dezembro de 2012, contra  48%  em  2008.  O estudo foi feito com 320.000 publicações. A curva  “OA Adjusted availability” é uma estimação computacional usando uma contagem de 500 publicações para fazer uma calibração.

 

 

Tem variações entre as 22  disciplinas (Tabela IV do estudo). As ciências humanas estão com 36% de artigos em  acesso livre (OA Open Access, as ciências da comunicação em 21%  contra 61 % para as pesquisas em ciências biomédicas, 44% em Agricultura e 56% para as matemáticas. As ferramentas usadas são Scopus, DOAJ e Pubmedcentral.

Esses resultados estão seguindo a  evolução das  publicações Gold OA indexadas no banco de artigos de Elsevier e  Scopus (Figura 2 e 3 do estudo).

O método usado é detalhado e mostra que a coleção de dados é difícil : o motor que deveria buscar informações no Google e Google Scholar foi bloqueado pelo Google, o documento em texto integral buscado não está sempre nas primeras páginas dos resultados,  enfim, o repertório dos jornais científicos Ulrich database é o mais completo mais insuficiente.

Foram feitas várias pesquisas e corpus para fazer esse estudo :

Primeira etapa : 20 000 referências de artigos do ano 2008 vindo do Scopus, foram fornecidas pelo time de Steve Harnad para mostrar 32% de porcentagem de OA em comparação ao estudo anterior que achou o número de 22%. Pode ser por exemplo porque editores  como  Springer abriram números importantes de artigos, no outono de 2012.

Depois 500 referências entre 20 000 foram escolhidas para fazer testes extensivos para calibrar  o modelo. Três  ferramentas foram usadas : Google, Google Scholar, e Ground Truth (Google Scholar, Google e Microsoft Academics). Essa analise  sugere que 48% dos artigos  de 2008 estavam disponíveis em dezembro de 2012.

A última etapa usou uma outra extraçaõ de 20 000 documentos do ano 2008  aleatoriamente escolhidos do Scopus  com representação  de cada disciplina para – dentro de um primeiro tempo – fazer a calibração de um novo motor de busca de artigos em acesso livre e para fazer estimação da proporção de AO dentro do Scopus usando o Ulrich periodical  database com ajuda para calibração. A lista das disciplinas do Scopus foi comparada a do Ulrich para fazer a repartição em disciplinas do estudo.

Ulrich periodical  database: é o maior banco de dados sobre jornais, mais não existe banco de dados completo, listando todos os jornais científicos.

Esse relatório pode levar a vários comentários porque a identificação dos numéros exato de documentos é difícil e está mundando, por exemplo tem artigos que não estão em acesso livre no momento mais que poderão estar em alguns meses depois.  Portanto,  o crescimento do OA  parece um fato real para todas as disciplinas, mesmo OA verde está  diminuindo.

 

Fontes

E. Archambault et. al., Proportion of Open Access Peer-Reviewed Papers at the European and World Levels–2004-2011, June 2013, Science-Metrix Inc. http://www.science-metrix.com/pdf/SM_EC_OA_Availability_2004-2011.pdf

5 revistas brasileiras e a ética das publicações

Para as revistas cientificas, a classificação da notoriedade é calculada principalmente com o fator de impacto, ver o artigo O que os cientistas acham sobre o fator de impacto ?

Para aumentar o fator de impacto, revistas usam auto citações : citação de outro artigo dentro do mesmo jornal ou esquemas mais complicados  entre varias revistas.  Se o fator de impacto é suspeito, o Jornal Citation Reports que faz cada ano a publicação de fator de impacto retira as revistas do JCR. Elas perdem o fator de impacto e são marcadas na lista das revistas retiradas publicada cada ano [1].

Aconteceu que  4 revistas brasileiras foram retiradas :  Clinics; Acta Ortopedica Brasileira; Jornal Brasileiro de Pneumologia (JBP); Revista da Associação Médica Brasileira (RAMB). A Revista Brasileira de Zootecnia-Brazilian Journal of Animal Science foi também retirada. A fraude usada e o principio de citações cruzadas entre varias revistas é explicado no [2].

FI2008 FI2009 FI2010 FI2011 FI2012
Clinics 1.596 1.422 2.058
Acta Ortopedica Brasileira 0.698
Jornal Brasileiro de Pneumologia (JBP)
Revista da Associação Médica Brasileira (RAMB) 0.589 0.553 0.771

E evidente que isso não ajuda o reconhecimento das pesquisas brasileiras , mais acho que  tem que colocar essa informação em contexto.

A fraude é internacional e a lista do JCR 2012, publicado em 2013,  tem 66 titulos de revistas retiradas esse ano [2].

Esse processo de eliminar as revistas que não seguem regras de ética da publicação ajuda  a melhorar a transparençia da avaliação da ciência.

Os editores estão pedindo mais retratação dos artigos e tem site como Retractionwatch para divulgar essas informações.

O Brasil está organizando  meetings para a integridade das pesquisas. Second Brazilian Meeting on Research Integrity, Science and Publication Ethics (II BRISPE) aconteceu em 2012. A terceira edição deverá acontecer em 2014.

Para diminuir as fraudes, as universidades precisam de adotar códigos de boas práticas. A Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp)  iniciou em setembro de 2011  a publicação de um Código de Boas Práticas Científicas.

Ensinhar aos pesquisadores a questãoes de Eticas das publicações de maneira que eles nao affeitam a carreira deles e manter o processo essential de avaliacão da produção cientifica effeitivo.

dora-logo-bigO fator de impacto está também em questão. Existe desde alguns mêses  A declaração do são Francisco para a avaliação de pesquisa. The San Francisco Declaration on Research Assessment (DORA). DORA e um site de informacão e uma peticão para não usar métricas de jornal como o fator de impacto como medida substituta da qualidade individual de cada artigo de pesquisa ou para avaliar a contribução individual de um cientista para empregar, promoção ou decisão de financiamento.

Fontes :

[1]  Titles suppression from  Journal Citation Reports . Journal Citation Reports © 2013 . Science Edition. Thomson Reuters. 2013. JCR 2012 Data release 

[2] Suspensão de Revistas Médicas Brasileiras. Blog Ecce Medicus. 24 .de jun de 2013. http://scienceblogs.com.br/eccemedicus/2013/06/suspensao-de-revistas-medicas-brasileiras/

[3] Entendendo os motivos que levaram revistas nacionais a serem excluídas do JCR. Um esquema impressionante de dissimulação, de fazer até José Dirceu ruborizar. 27 de Junho 2013. http://cienciabrasil.blogspot.fr/2013/06/entendendo-os-motivos-que-levaram.html

[4] Aumento de fraudes em pesquisas preocupa cientistas no mundo todo. Herton Escobar – O Estado de S.Paulo. 24 de março de 2013. http://www.estadao.com.br/noticias/impresso,aumento-de-fraudes-em-pesquisas-preocupa-cientistas-no-mundo-todo-,1012525,0.htm

 

Links úteis

Publicação dos dados em Data journals

BDJ genomicdata

Uma melhor disseminação dos dados ciêntificos podem ajudar  a melhorar a qualidade dos dados  e transparência, e as colaborações para a produção dos dados  e permitir novas oportunidades de pesquisas em produzir dados  em uma escala maior e multidisciplinar. Nesse contexto aparecem os jornais de dados : “data journals”.

Os principios dos data journals são os seguintes : eles não contem  dados mais um novo tipo de publicação de “artigo cientifico” que são “data descriptors” que vai descrever o “data set” (conjunto de dados). Esse novo tipo de artigo é avaliado pelos pares e contem  uma parte textual como uma publicação tradicional e uma outra parte de descrição dos dados : metadados,

Os data sets não estão incluidos nos jormais mais poderão ficar em serviços como Dryad ou Figshare (Figshare  e um serviço de Digital Science, uma empresa do grupo de Nature).

Os dados como os “data descriptors” serão divulgados sobre uma  licença “open” creative commons.

Os editores se interessam na gestão e na divulgação dos dados de pesquisas.

O grupo Nature que publica a revista do mesmo nome vai lançar um novo serviço chamado « Scientific Data », uma plataforma que funciona no modelo de “Gold Open Access “(os autores pagam os custos de publicação). Scientific Data conterá descrição  textual, metadatas sobre data sets (conjunto de dados), primeiramente  em ciências biológicas, meio ambiente, biomedicina.

Alguns data journals :

  1. Scientific Data (Nature)
  2. Geoscience Data Journal
  3. CODATA Data Science Journal
  4. Earth System Science Data
  5. Journal of Chemical & Engineering Data (ACS Publications)
  6. Big Data
  7. Biodiversity Data Journal
  8. Genomics Data (Elsevier)
  9. O projeto de alexandria archive sobre datajournals
  10. Journal of Open Archaeology Data

Qual e o interesse para os autores ?

Os autores poderão valorizar o trabalho deles, permitindo o acesso aos outros pesquisadores que poderão usar e citar os dados, e talvez iniciar parcerias. Na ârea da ciência, as vezes, a produção de dados custa muito dinheiro e  é uma das maiores despesas das pesquisas. Já tem muito exemplos de laboratórios de pesquisas que usam os dados de outros laboratórios através de colaborações. O Thomson Reuters ja lançou o Data Citation Index para medir as citações de datasets.

Para os editores

É certo que os  “Data Descriptors” poderão ser produzidos para outras organizações que os editores “for profit”, mais de um outro lado,  os editores são especializados em  processo de avaliação pelos pares, indexação, valorização e os dados são um novo meio de desenvolvimento para eles.

Dados como artigos ?

Tem um risco que os editores aplicam o mesmo modelo econômico que para as revistas que levou  a essa situação atual : Os editores controlam a difusão dos conhecimentos cientificos e o  movimento do acesso livre “open access”  apareceu em reação a essa liderança. As instituições deverão  construir os próprios projetos para a avaliação de dados de pesquisa. Ja tem projeto com a Research Data Alliance, uma posicão da União Europeia e projeto sobre data journals OpenScienceLink. A seguir…

LusOPenEdition

lusopendition

O projeto LusOpenEdition é um projeto orientado em ciências sociais e humanas. Ele disponibiliza à comunidade científica lusofona quatro plataformas de publicação e de informação em ciências sociais e humanas, de âmbito internacional. :
* Books – Coleções de livros
* Revues.org – Revistas em acesso livre
* Calenda – Agenda de evento em ciências sociais e humanas
* Hypotheses – Cadernos de investigação. (Os Cadernos de hypotheses são blogs com WordPress).

LusOpenEdition é a versão portuguese de um projeto françês OpenEdition do Centre pour l’édition électronique ouverte (Cléo – UMS 3287). A versão portuguesa ganha mais dois parceiros : CRIA e a Fundação Calouste Gulbenkian.

Os serviços de Open Edition e os interesse dos cientistas para os contéudo dessa plataforma faz que  ela garanta um impacto cientifico e uma visibilidade dentro das comunidades que olham a plataforma OpenEdition. Aqui estamos bem longe do factor de impacto para avaliação da qualidade dos textos científicos. Um fator importante e que tem profissionais para acompagnar os editores e os cientistas que escrevem nos cadernos..

O revue.org  e uma plataforma completa para a geração de jornais científicos.

O Hypothese  apresenta blogs onde o processo de publicação cientifiçà pode ser experimentado como comentários sobre artigos já publicados,   consolidação de textos antes da submissão a um jornal, e nota de leituras para divulgar um ponto de visto original sobre um artigo.

O OpenEdition Freemium e um novo modelo de acesso livro, que e muito interessante.
Os conteúdos dos jornais e cadernos são em acesso livre, mais as universidades ou instituções, podem participar – Atraves dos serviços de bibliotecas-  para dar mais serviços aos usurários deles.
O serviços da opção freemium são apresentados em seis grupos (ver o site).  Entre eles,  para usurários : acesso aos artigos em vários formatos, formações, para bibliotecas, : recuperação de dados bibliográficos, estatísticas de consultação no formado Counter participação em manifestação como ThatCamp Paris.

Esse modelo tem o vantagem de colocar as bibliotecas no centro do processo de promoção do acesso livre.

Fontes :