O movimento do compartilhamento dos dados de pesquisa é uma realidade. Mais como acessar essas informações ? Atualmente apesar da ferramenta Datasearch do Elsevier em beta versão, não existe ferramenta única para buscar dados de pesquisa. A lista de sites seguintes dá algumas dicas para achar os conjuntos de dados. Esta lista pode evoluir em função das suas sugestões (por email) ou de atualizações. Há repositórios de dados genéricos : a lista está disponível no Onde achar dados de pesquisa em saúde ? O site Re3data.org é uma catálogo internacional de repositórios de dados e a melhor fonte atualmente para achar repositórios.
Agronomia
- Ag-Data-Commons repositório de dados da National Agricultural Library de USDA (Estados Unidos).
- CIAT Dataverse – International Center for Tropical Agriculture (CIAT)
- CITARea – Repositório em agroalimentação da provincia de Aragon (Espanha) com uma coleção [DOCIDACI] “Conjuntos de dados científicos”. Pouco dados nesse momento.
- ICRISAT Dataverse Network International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics Dataverse Network
- Agri-Environmental Research Data Repository da universidade de Guelph (Canadá) . Dados sobre solos, agroflorestal, umidade do solo e rendimento das culturas.
- Agtrials.org The Global Agricultural Trial Repository and Database. informações sobre desempenho das tecnologias agrícolas em países em desenvolvimento.
-
Biomolecular e células
- Animal QTLdb Animal Quantitative Trait Loci. Dados de QTL e de traço de caracteres disponíveis publicamente (dados de associação de localização de genomas e traços)
- BOND (Biomolecular Object Network Databank). From Unleashed Informatics.
- The Cell: An Image Library Imagens de tudos os tipos de células de todos os organismos incluido estructuras intracelular e animações para demonstar as funções.
- Databases at EBI. Bancos de dados do Instituto Européio de Bioinformática (European Bioinformatics Institute EBI). ver o FTP interface.
- Gene Expression Omnibus Dados genômicos funcionais, incluindo aplicativos de seqüenciamento “array based”.
- Molecular Biology Databases. lista de 34 databases sobre biologia molecular . Há tambem 7 bancos de dados que estão seguindo o protocolo de dados abertos de Science Commons.
-
MaizeGDB, Maize Genetics and Genomics Database. Dados sobre genética e genomas do milho (Zea mays).
- MorphoBank. ferramenta em biologia comparativa sobre homologia de fenótipos através da internet Hospedado pelo State University of New York at Stony Brook.
- National Biological Information Infrastructure. O NBII relaciona diversas bases de dados biológicas de alta qualidade. Fornece produtos de informação e ferramentas analíticas mantidas por parceiros NBII e outros colaboradores como agências governamentais, instituições acadêmicas, organizações não governamentais e indústria privada.
Forestas
- Global Forest Change 2000–2013. Um site americano de imagens Landsat e de análises de séies temporais.
- CGIAR Research Program on Forests, Trees and Agroforestry Dataverse
- National Forestry Database (Canadá). O banco de dados nacional de estatísticas da silvicultura do Canadá .
- IFRI Database – International Forestry Resources and Institutions. A base de dados IFRI contém informações sobre biodiversidade, meios de subsistência, instituições e carbono florestal para mais de 250 locais em 15 países (Brasil incluido) entre 1992 e o presente.
Plantas
- AlgaeBase AlgaeBase é uma database de informações sobre algas (algae), incluído organismos terrestre, oceânico e de agua doce.
- BETYdb Biofuel Ecophysiological Traits and Yields Database Informações sobre características ecofisiológicas e de rendimentos do biocombustível.
- Ensembl Plants , é um portal genômico-centrado para espécies de plantas. Ensembl Plants é desenvolvido em coordenação com outros grupos de genômica vegetal e bioinformática através do consórcio transPLANT.
- Herbario Nacional de México (MEXU), Plantas vasculares do México.
- Maize Genetics and Genomics Database. Genético e gênomico sobre milho (Zea mays L.).
- PaleoBiology Database. informações coletadas para uma rede de pesquisadores sobre fossilização das plantas e dos animais.
- Planet, uma rede de bancos de dados sobre plantas
- PhytoPath – recurso de bioinformática que integra dados de escala genômica de importantes espécies de patógenos de plantas com informações documentadas sobre os fenótipos de infecção do hospedeiro
- TAIR The Arabidopsis Information Resource – (TAIR) Banco de dados sobre genética e biologia molecular para a planta modelo Arabidopsis thaliana.
- TreeBASE. Banco de dados sobre conhecimento filogênico, atualizada em março de 2010. Hospedado pelo Phyloinformatics Research Foundation
Meio ambiente
Ver o artigo : Penev et al (2017). Strategies and guidelines for scholarly publishing of biodiversity data. Research Ideas and Outcomes (2)
- DataBasin – Acesso livre de dados sobre biodiversidade do Conservation Biology Institute com parceria com Rhiza Labs.
- CRIA. O CRIA atua especificamente na área de informação biológica, de interesse industrial e ambiental, e pretende, através de sua atuação, contribuir diretamente para a conservação e utilização racional da biodiversidade no Brasil. O sistema Busca por Nome Científico. permite a pesquisa de nomes científicos nos seguintes dicionários : Fauna Ameaçada – MMA – 632 registros, Catálogo de Abelhas Moure (24 Jul 2012) – 9780 registros – 5781 nomes aceitos, Flora Ameaçada – Biodiversitas – 1495 registros, Prokaryotic Nomenclature Up-to-Date (Jan 2016) – 19360 registros – 16700 nomes aceitos, Catálogo da Vida (Julho 2016) – 3427478 registros – 1956291 nomes aceitos, IUCN Lista Vermelha – 42221 registros, Livro Vermelho das Espécies Vegetais Ameaçadas do Estado de São Paulo (2007) – 1086 registros.
- DATAONE é uma infraestura que da acesso aos conjuntos de dados sobre observação da terra. As possibilidades de busca são importantes. (1)
- Federal Land Manager Environmental Database (FED) – dados ambientais e um conjunto integrado de ferramentas para avaliar e analisar a qualidade do ar e a visibilidade em terras protegidas federalmente, como Parques Nacionais, Florestas Naturais e Áreas Selvagens dos Estados Unidos.
- Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Dados abertos sobre biodiversidade seguindo um acordo governamental de 17 países.
- ICOS Carbon Portal. Dados de mais de 100 estações de medidas em toda a Europa.
- PANGAEA. Rede sobre dados de geociência e dados de meio-ambiente. Os conjuntos de dados são abertos mais alguns estão em acesso restrito.
- The Analysis portal para biodiversidade (Suécia). Portal de 15 fornecedores de dados da Suécia em biodiversidade e meio ambiente.
- The Knowledge Network for Biocomplexity (KNB) é uma rede americana par facilitar a gestão e a preservação de dados de pesquisa em meio ambiente. Para pesquisadores há mutas ferramentas para descobrir e analisar dados.
Oceanos
- Bedford Institute of Oceanography Bancos de dados (Canadá)
- Mermex ecosistema oceanográfico para Mediterraneo.
- SeaDataNet, desenvolveu uma infraestrutura européia sobre gestão de dados de grande conjuntos de dados de observações do mar e oceanos.
- SEANOE, dados científicos sobre o mar do Ifremer (França).
ver também o artigo :
Proteínas
- Peptidome, espectrometria de massa para identificação de dados de proteínas e de péptidos do National Center for Biotechnology Information (US).
- PRIDE Archive – proteomics data repository
- RCSB Protein Data Bank. do Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB).
- UNIPROT The Universal Protein Resource – UniProt é um banco de dados livremente acessível de seqüência de proteínas e informações funcionais. Muitas entradas são derivadas de projetos de seqüenciamento do genoma. Uniprot contém uma grande quantidade de informações sobre a função biológica de proteínas derivadas da literatura de pesquisa.
Solos
- Natural Resources Conservation Service Soils da UDSA (United States Department of Agriculture)
- World Data Centre for Soils ISRIC – informações mundias sobre solos através de diferentes bases de dados. WoSIS (World Soil Information Service) é um serviço para extrair dados validados e autorizados. SoilGrids é um coleção de proprietades de solos e mapas de uma resolução de 1 km e SoilInfoApp é um framework para estocagem de dados sobre solos.
- World Soil Information, fornece uma seleção de dados e um servicio metadados service para buscar conjuntos de dados.
Tecnologia de Alimentos
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Phenol-Explorer Polyphenols , base de dados sobre o teor de polifenóis nos alimentos. O banco de dados contém mais de 35.000 valores de conteúdo para 500 polifenóis diferentes em mais de 400 alimentos.
(1) DataONE: Addressing the Grand Challenges in Biology and the Environmental Data Sciences | Agricultural Information Management Standards (AIMS).” Accessed March 14, 2017. http://aims.fao.org/activity/blog/dataone-addressing-grand-challenges-biology-and-environmental-data-sciences.
(2) Penev, L., Mietchen, D., Chavan, V., Hagedorn, G., Smith, V., Shotton, D., … Edmunds, S. (2017). Strategies and guidelines for scholarly publishing of biodiversity data. Research Ideas and Outcomes, 3, e12431. https://doi.org/10.3897/rio.3.e12431