Onde achar dados de pesquisa em agronomia, alimentos e meio-ambiente ?

https://www.ars.usda.gov/oc/images/photos/oct07/d890-1/ Photo by Peggy Greb.
https://www.ars.usda.gov/oc/images/photos/oct07/d890-1/ Photo by Peggy Greb.

O movimento do compartilhamento dos dados de pesquisa é uma realidade. Mais como acessar essas informações  ? Atualmente apesar da ferramenta Datasearch do Elsevier em beta versão, não existe ferramenta única para buscar dados de pesquisa. A lista de sites seguintes dá algumas dicas para achar os conjuntos de dados. Esta lista pode evoluir em função das suas sugestões (por email) ou de atualizações. Há repositórios de dados genéricos : a lista está disponível no Onde achar dados de pesquisa em saúde ? O site Re3data.org é uma catálogo internacional de repositórios de dados e a melhor fonte atualmente para achar repositórios.

Continuar a ler “Onde achar dados de pesquisa em agronomia, alimentos e meio-ambiente ?”

Princípios FAIR : critérios de qualidade para dados de pesquisa

Fair data
fonte : Imagen da Uniprot autor Sangra Pundir CC-BY-SA-4.0 (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:FAIR_data_principles.jpg)

A qualidade dos conjuntos de dados de pesquisa é muito importante e precisa definir os critérios para avaliar a qualidade dos conjuntos de dados. Uma boa gestão de dados é também essencial para facilitar descobertas, inovação e reutilização para uma comunidade, depois o processo de publicação [9] . Continuar a ler “Princípios FAIR : critérios de qualidade para dados de pesquisa”

Onde achar dados de pesquisa em saúde ?

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By Adrienne Yancey for opensource.com https://opensource.com/health/11/5/open-health-and-medical-gag-orders

O movimento do compartilhamento dos dados de pesquisa é uma realidade. Mais como acessar essas informações  ? Atualmente apesar da ferramenta Datasearch do Elsevier em beta versão, não tem ferramenta única para buscar dados de pesquisa. A lista de sites seguinte dá algumas dicas para achar os conjuntos de dados. Esta lista pode evoluir em função das suas sugestões (por email) ou de atualizações.

Generalidade

Repositórios de dados http://oad.simmons.edu/oadwiki/Data_repositories (seção 12 Medicina) essa página lista vários repositórios de dados em saúde.

re3data.org www.re3data.org/ Re3data.org identifica mais de 1,500 repósitorios de dados. Busca por temática, por exemplo Basic Medical Research (260 repositórios) ou Medicine (358 repositórios).

Há repositórios de dados genéricos como Zenodo, Figshare Dryad 4Tu Centrum,  ou plataformas nacionais : UK Data Archive (UKDA) ou DANS (Holanda) onde é possível  buscar por palavras-chaves e temáticas (ver também o post sobre repositórios genéricos).

O Elsevier lançou o Datasearch em versão beta para procurar conjuntos de dados.  Esta ferramenta busca dentro dos repositórios de dados e os “suplementary materials” dos artigos da plataforma Sciencedirect de Elsevier. Essa ferramenta que pode ser muito util para buscar dados é uma iniciativa de uma empresa privada e faz a promoção dos conteúdos de Science Direct. Ele não faz parte diretamente do movimento de dados abertos, bem como o Data Citation Index de Thomson Reuters que é uma ferramenta disponível na subscrição.

O site Openaire busca dentro dos repositórios os dados dos projetos da União Europeia (programa H2020).

Os repositórios de documentos em acesso livre as vezes contém conjuntos de dados.  Ver lista dos repositórios brasileiros de acesso aberto do IBICT.

Biocaddie data discovery index (DDI) (National Institutes of Health). Biocaddie é um protótipo para de descoberta de dados. A ferramenta Datamed  fornece acesso a conjuntos de dados a partir de 43 repositórios de dados científicos.

Biotecnologia
Ensaios Clínicos
Saúde pública
Genômica
  • EMBL Nucleotide Sequence Database European Nucleotide Archive
  • dbSNP The Nucleotide database – em colaboração com o  National Human Genome Research Institute, o National Center for Biotechnology Information (US) disponibiliza o “The Nucleotide database” que é uma coleção de sequências de várias fontes, incluindo GenBank, RefSeq, TPA and PDB. Genoma, gene e dados da sequência de transcrição.
Bactéria e virus

 

Para ler :

  1. Reis, Juliana e Fernanda Marques, Fernanda (2016) Ensaios clínicos, eis a questão: dados abertos ou não? http://www.periodicos.fiocruz.br/pt-br/content/ensaios-cl%C3%ADnicos-eis-questão-dados-abertos-ou-não
  2.  Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde (Bireme/Opas/OMS) .  Sobre o compartilhamento de dados de ensaios clínicos. 8/03/2016. http://periodicos.fiocruz.br/sites/default/files/anexos/Nota%20Bireme%20-%20compartilhamento-dados-ensaios-clinicos.pdf

Os desafios de dados de pesquisa abertos [artigo]

Aventurier, P. ; de Alencar, MC ( 2016). Os desafios de dados de pesquisa abertos. Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde; v. 10, n. 3.  http://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciis/article/view/1069 ou no repositorio do INRA http://prodinra.inra.fr/record/372582.

  • Pascal Aventurier; Institut National de la Recherche Scientifique. Centre de Recherche PACA. Avignon, France.
  • Maria Cleofas de Alencar; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. Embrapa Meio Ambiente. Jaguariúna, SP, Brasil.
Resumo

A gestão, a disponibilização e a preservação dos dados de pesquisas são preocupações cada vez mais centrais para os pesquisadores, as instituições de pesquisas e também para as agências de fomento e revistas cientificas. Todos esses têm o objetivo de desenvolver boas práticas de pesquisa que permitam a verificação e a reutilização dos dados, a valorização dos trabalhos de construção de conjuntos de dados e o desenvolvimento de novas maneiras de pesquisar utilizando dados já produzidos. Este artigo apresenta as diferentes etapas do ciclo de vida dos dados e mostra as iniciativas internacionais e nacionais tomadas para desenvolver esse campo que tem grande interesse para a área da saúde.

Abstract
Increasingly, the management, availability and preservation of research data concern researchers, research institutions as well as research funding agencies and scientific journals. All of them aim to develop good research practices allowing the data confirmation and their reuse, the improvement of the dataset building and the development of new ways of searching through the use of data already produced. This paper presents the different stages of the data life cycle and shows the international and national initiatives to develop these important issues to the health field.

Dados de pesquisa : descrição do ciclo de vida de gestão de dados

Os Dados bem organizados e com documentação, com garantia para preservação e enfim compartilhados são essenciais para  a investigação científica e para reforçar as oportunidades de aprender e de inovar.

Os dados de pesquisa tem uma vida alem do projeto que os criam. Pesquisadores devem continuar a trabalhar nos dados depois que os financiamentos acabam, e seguir projetos para que os dados possam ser analisados, citados, atualizados ou qualquer forma de reutilização para outros pesquisadores. Desta forma, a reutilização de dados para criar novas pesquisas alimenta um ciclo de vida.

O ciclo de vida dos dados de pesquisa tem varias representações e envolvem as principais etapas seguintes (ver a figura 1) :

Continuar a ler “Dados de pesquisa : descrição do ciclo de vida de gestão de dados”

Identificadores de autores e de pesquisadores : OrcID, ResearcherId, ISNI, ….

Um identificador de autor ou de pesquisador é um código digital que permite de identificar de maneira única este pesquisador ou autor dentro de um ambiente digital definido (Web Of Science Scopus, CV Lattes, repositórios digitais etc). Ele permite de atribuir a este pesquisador as produções das quais ele é o autor (publicação, dados científicos etc) evitando as confusões relacionadas a homônimo e associando as diferentes formas de escrever o nome de um autor como o nome com iniciais, mudança de nome do autor. Ele evita aos pesquisadores de escrever as informações sobre ele e permite de exportar ou importar as referências de um banco de dados pelo outro se elas são interconectadas. O identificador representa uma chave única que facilita a pesquisa de informação..

O Orcid (Open Researcher and Contributor ID) parece ser uma boa escolha para as razãos seguintes :  Continuar a ler “Identificadores de autores e de pesquisadores : OrcID, ResearcherId, ISNI, ….”

Medindo, classificando, apoiando e fortalecendo a publicação científica em acesso aberto no Brasil [nota de leitura]

 

Esse artigo [1] mostra a influência do modelo acesso livre (ou acesso aberto) na qualidade das revistas cientificas brasileiras  e compara  em diferentes disciplinas  a notoriedade dos jornais brasileiros em relação aos  jornais internacionais.

Esse trabalho analisou um painel impressionante de sistema de referências mais a base de referência é o sistema Qualis da CAPES.  O Qualis é o sistema brasileiro para avaliação dos jornais  como outros bancos de dados para examinar a relação entre qualidade académica e acesso livre no contexto brasileiro. Usando as diferentes fontes citadas acima o estudo mostra a proporção de jornais em  tipo de acesso livre e a avaliação dos jornais brasileiros para cada disciplina.

O artigo mostra que o Brasil de acordo com o Ulrich’s directory tem mais  publicações em acesso livre do que qualquer outro país  (69% dos artigos em Acesso Livre). Continuar a ler “Medindo, classificando, apoiando e fortalecendo a publicação científica em acesso aberto no Brasil [nota de leitura]”

Ranking das 1200 Universidades usando citações do Google Scholar

O time de Webometrics usou a recente classificação pelas instituições do Google Scholar para establecer um ranking experimental de 1200 institituições.

Sem supresas, as universidades americanas, britânicas e canadenses lideram o ranking. A primeira universidade fora desses 3 países é a National University of Singapore (na quadragésima colocação). Continuar a ler “Ranking das 1200 Universidades usando citações do Google Scholar”