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Etiqueta: dados abertos de pesquisa

Plano de Gestão de Dados : uma introdução

Um plano de gestão de dados (PGD ou Data Management Plan) é um documento que descreve como os dados serão obtidos, documentados, organisados, amarzenados securisados, preservados e compartilhados durante a fase de pesquisa e depois do fim do projeto. O objetivo é facilitar a compreensão e a reutilização futura dos dados. De maneira prática ajuda a identificar os riscos ligados na gestão de dados, identificar as ações a fazer e as responsabilidades, além de planificar os recursos e competências necessárias para tal gestão.

O PGD é na maiora dos casos ligado a um projeto de pesquisa e concerne todas as fases do ciclo de vida dos dados e todos os conjuntos de dados do projeto. Ele é criado no início do projeto e depois atualizado durante o projeto.

Esses planos são desenvolvidos pelas universidades, agências de fomento à pesquisa ou centros nacionais de dados que visam, cada vez mais, a abertura dos dados de pesquisas, de modo que, para se obter um financiamento, são exigidos os planos de gestão dos dados com suas metas e os planos das instituições de pesquisa.

Nos Estados Unidos, o OSTP (Office of Science and Technology Policy)  publicou um plano de acesso público em 2013 e muito agências americanas estão exigindo um PGD [8]. A União Européia também tem um open data pilot [9] onde todos os projetos desde o início de 2017 devem compartilhar dados que podem ser compartilhados [10] e submeter seus planos de gestão de dados. O Reino Unido (Cancer Research UK,  Research Councils UK,  Welcome Trust, a Holanda ( Netherlands Organisation for Scientific Research), a Austrália (Australian Research Council, National Health and Medical Research Council, o Canada – Genome Canada) e enfim na Finlândia (Academy of Finland).

 

Os PGDs incluem, de modo geral, os seguintes itens [1]:

  • Descrição do projeto;
  • Autores e afiliações;
  • Exigências das agências de fomento ou de uma instituição;
  • Tipo de dados produzidos;
  • Normas de metadados* e dados;
  • Regras para distribuição e reutilização;
  • Planos para conservação e arquivamento.

Essas informações são resumidas na figura seguinte :

Infografia de PGD. Fonte Data management for students: Data management http://libguides.ru.nl/datamanagementEN/dm Based on a University Library Nijmegen publication on http://ru.nl.libguides.com.

Existem variações entre conteúdo e orientação dos PGDs. Por exemplo, o Digital Curation Center Checklist for a data management plan [2] ** tem foco nas exigências de agência de fomento. Outros modelos exigem mais detalhes sobre a coleta de dados, o volume e o formato ou a preservação. O PGD aborda as questões éticas e aconselha que se mencione uma pessoa/instituição responsável pela gestão dos dados.

Ferramentas para redação de PGDs

Existem duas ferramentas para ajudar na criação do plano de gestão de dados O DMP Tool,  criado pela University of California’s California Digital Library (CDL)  e o DMP Online, criado pelo DCC (Digital Curation Center) . Cada um permite aos usuários

  • criar um PGD em função das exigências dos financiadores ou de uma instituição. usando as ajudas e os exemplos online.
  • Compartilhar um PGD com outros usuários seguido de possibilidade de leitura ou de escritura.
  • Exportar um PGD em diferentes formatos incluindo microsoft Word e PDF.

Diferentes instituições usaram esses software para implementar as próprias plataformas : a França com Opidor, a Finlandia com Tuuli etc.

Diferentes padrões de PGD podem ser implementados seguindo as instruções de um órgão de pesquisa ou de uma agência de fomento. O padrão da União Européia tem uma seção para detalhar os princípios FAIR. Uma ajuda em contexto é disponível e pode ser implementada.

Existem ferramentas com versões em inglês , françês  e outra língua, mas penso que não tem em português. As instituições usando DMP Online tem funcionalidades de administração para implementar qualquer padrão de PGD ou de texto de ajuda.

Enfim, são várias as ferramentas e os desenvolvimentos sobre essas ferramentas. DMP Online e DMP Tools estão desenvolvendo uma ferramenta comum e único o ROADMAP [11] e há também uma iniciativa de Active Management Plan , onde irão interagir com outras ferramentas como repositórios de dados para compartilhar informações [12]

Exemplos de Plano de gestão de dados

Fontes 

[1] Aventurier, P., Alencar, M. d. C. F. (2016). Os desafios de dados de pesquisa abertos. RECIIS, 10 (3). http://prodinra.inra.fr/record/372582

[2] Digital Curation Checklist. Checklist for a Data Management Plan. http://www.dcc.ac.uk/resources/data-management-plans/checklist

[3] QUT Library. Data Management Plan FAQs https://dmp.qut.edu.au/about_us

[4] MIT. Write a data management plan. https://libraries.mit.edu/data-management/plan/write/

[5]ICPSR. Guidelines for Effective Data Management Plans http://www.icpsr.umich.edu/icpsrweb/content/datamanagement/dmp/index.html

[6] Radbout University Library. Data management for students: Data management http://libguides.ru.nl/datamanagementEN/dm

[7] EUDAT & OpenAIRE Webinar: How to write a Data Management Plan – July 14, 2016 https://www.slideshare.net/EUDAT/eudat-openaire-webinar-how-to-write-a-data-management-plan-july-14-2016

[8]  NC State University Library. Funding Agency Guidelines https://www.lib.ncsu.edu/guides/datamanagement/funding_agencies

[9] OpenAire. What is the Open Research Data Pilot?Updated on 15 November 2016 https://www.openaire.eu/opendatapilot

[10] European Commission (2017). EC’s Guide on Open Access Scientific Publications and Research Data.  March 21, 2017. http://ec.europa.eu/research/participants/data/ref/h2020/grants_manual/hi/oa_pilot/h2020-hi-oa-pilot-guide_en.pdf

[11] DMP Roadmap Github : https://github.com/dmproadmap

[12] Research Data Alliance (2017). Overview slides – RDA9 Active DMP IG session. https://www.rd-alliance.org/overview-slides-rda9-active-dmp-ig-session

Ver também o site do SIBIUSP sobre Plano de Gestão de Dados https://www.sibi.usp.br/apoio-pesquisador/dados-pesquisa/plano-gestao-dados-2/

  • *os metadados são um conjunto de dados estruturados que identificam os dados de um determinado documento e que podem fornecer informação sobre o modo de descrição, administração, requisitos legais de utilização, funcionalidade técnica, uso e preservação. (TAYLOR, 1999 e DEMPSEY, 1998) citado no curso Metadados : dados a respeito de dados. de  (2006).  https://pt.slideshare.net/gemireki/metadados-dados-a-respeito-de-dados-presentation-596079
  • **Curadoria digital é a seleção,  preservação, manutenção, coleção e arquivamento de ativos ou dados digitais.  Curadoria digital é geralmente relacionada ao processo de criação e desenvolvimento de repositório de dados para consultas atuais e futuras realizadas por pesquisadores, cientistas, historiadores e estudiosos.  (wikipedia)

Onde achar dados de pesquisa em saúde ?

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By Adrienne Yancey for opensource.com https://opensource.com/health/11/5/open-health-and-medical-gag-orders

O movimento do compartilhamento dos dados de pesquisa é uma realidade. Mais como acessar essas informações  ? Atualmente apesar da ferramenta Datasearch do Elsevier em beta versão, não tem ferramenta única para buscar dados de pesquisa. A lista de sites seguinte dá algumas dicas para achar os conjuntos de dados. Esta lista pode evoluir em função das suas sugestões (por email) ou de atualizações.

Generalidade

Repositórios de dados http://oad.simmons.edu/oadwiki/Data_repositories (seção 12 Medicina) essa página lista vários repositórios de dados em saúde.

re3data.org . www.re3data.org/ Re3data.org identifica mais de 1,500 repósitorios de dados. Busca por temática, por exemplo Basic Medical Research (260 repositórios) ou Medicine (358 repositórios).

Há repositórios de dados genéricos como Zenodo, Figshare Dryad 4Tu Centrum,  ou plataformas nacionais : UK Data Archive (UKDA) ou DANS (Holanda) onde é possível  buscar por palavras-chaves e temáticas (ver também o post sobre repositórios genéricos).

O Elsevier lançou o Datasearch em versão beta para procurar conjuntos de dados.  Esta ferramenta busca dentro dos repositórios de dados e os “suplementary materials” dos artigos da plataforma Sciencedirect de Elsevier. Essa ferramenta que pode ser muito util para buscar dados é uma iniciativa de uma empresa privada e faz a promoção dos conteúdos de Science Direct. Ele não faz parte diretamente do movimento de dados abertos, bem como o Data Citation Index de Thomson Reuters que é uma ferramenta disponível na subscrição.

O site Openaire busca dentro dos repositórios os dados dos projetos da União Europeia (programa H2020).

Os repositórios de documentos em acesso livre as vezes contém conjuntos de dados.  Ver lista dos repositórios brasileiros de acesso aberto do IBICT.

Biocaddie data discovery index (DDI) (National Institutes of Health). Biocaddie é um protótipo para de descoberta de dados. A ferramenta Datamed  fornece acesso a conjuntos de dados a partir de 43 repositórios de dados científicos.

Biotecnologia
Ensaios Clínicos
Saúde pública
Genômica
  • EMBL Nucleotide Sequence Database European Nucleotide Archive
  • dbSNP The Nucleotide database – em colaboração com o  National Human Genome Research Institute, o National Center for Biotechnology Information (US) disponibiliza o “The Nucleotide database” que é uma coleção de sequências de várias fontes, incluindo GenBank, RefSeq, TPA and PDB. Genoma, gene e dados da sequência de transcrição.
Bactéria e virus

 

Para ler :

  1. Reis, Juliana e Fernanda Marques, Fernanda (2016) Ensaios clínicos, eis a questão: dados abertos ou não? http://www.periodicos.fiocruz.br/pt-br/content/ensaios-cl%C3%ADnicos-eis-questão-dados-abertos-ou-não
  2.  Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde (Bireme/Opas/OMS) .  Sobre o compartilhamento de dados de ensaios clínicos. 8/03/2016. http://periodicos.fiocruz.br/sites/default/files/anexos/Nota%20Bireme%20-%20compartilhamento-dados-ensaios-clinicos.pdf

Os desafios de dados de pesquisa abertos [artigo]

Aventurier, P. ; de Alencar, MC ( 2016). Os desafios de dados de pesquisa abertos. Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde; v. 10, n. 3.  http://www.reciis.icict.fiocruz.br/index.php/reciis/article/view/1069 ou no repositorio do INRA http://prodinra.inra.fr/record/372582.

  • Pascal Aventurier; Institut National de la Recherche Scientifique. Centre de Recherche PACA. Avignon, France.
  • Maria Cleofas de Alencar; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. Embrapa Meio Ambiente. Jaguariúna, SP, Brasil.
Resumo

A gestão, a disponibilização e a preservação dos dados de pesquisas são preocupações cada vez mais centrais para os pesquisadores, as instituições de pesquisas e também para as agências de fomento e revistas cientificas. Todos esses têm o objetivo de desenvolver boas práticas de pesquisa que permitam a verificação e a reutilização dos dados, a valorização dos trabalhos de construção de conjuntos de dados e o desenvolvimento de novas maneiras de pesquisar utilizando dados já produzidos. Este artigo apresenta as diferentes etapas do ciclo de vida dos dados e mostra as iniciativas internacionais e nacionais tomadas para desenvolver esse campo que tem grande interesse para a área da saúde.

Abstract
Increasingly, the management, availability and preservation of research data concern researchers, research institutions as well as research funding agencies and scientific journals. All of them aim to develop good research practices allowing the data confirmation and their reuse, the improvement of the dataset building and the development of new ways of searching through the use of data already produced. This paper presents the different stages of the data life cycle and shows the international and national initiatives to develop these important issues to the health field.

Dados de pesquisa : descrição do ciclo de vida de gestão de dados

Os Dados bem organizados e com documentação, com garantia para preservação e enfim compartilhados são essenciais para  a investigação científica e para reforçar as oportunidades de aprender e de inovar.

Os dados de pesquisa tem uma vida alem do projeto que os criam. Pesquisadores devem continuar a trabalhar nos dados depois que os financiamentos acabam, e seguir projetos para que os dados possam ser analisados, citados, atualizados ou qualquer forma de reutilização para outros pesquisadores. Desta forma, a reutilização de dados para criar novas pesquisas alimenta um ciclo de vida.

O ciclo de vida dos dados de pesquisa tem varias representações e envolvem as principais etapas seguintes (ver a figura 1) :

Continuar a ler “Dados de pesquisa : descrição do ciclo de vida de gestão de dados”

Fazer da ciência aberta uma realidade : relatório da OECD

oecdO OECD publicou um relatório sobre ciênca aberta “Making open science a reality”.

Ciência aberta pode ser considerada como um conceito mais amplo do acesso aberto para publicações e dados de pesquisas. Ciência aberta acontece em todas as etapas das pesquisas (o relatório tem um glossário).  Ela inclui também a interoperabilidade das infraestruturas científificas, metodologias compartilhadas e ferramentas para data mining. O relatório da OECD mostra as tendências recentes em políticas de ciências abertas em particular sobre as iniciativas para promover acesso aos resultados financiados  com fundos públicos (publicação e dados de pesquisas).

O relatório analisa também os papéis dos diferentes atores da ciência aberta : pesquisadores, ministérios dos governos, agência de amparo, universidades e institutos de pesquisas, bibliotecas, data center, repositórios, ongs privadas e fundações,  editores privados e comerciais em geral.

Organizações intergovernamentais (OECD, UNESCO, EU and Worldbank) tem um papel muito importante para a definição de acordos internacionais ou orientações sobre ciências abertas que poderão ser adotadas pelos países por exemplo. Essas organizações são muito atívas nesse domínio.

O relatório destaca as principais conclusões que mostram a importância da ciência aberta para melhorar a qualidade da ciência,  aumentar as colaborações que envolvem  pesquisas e sociedades e pode contribuir para um melhor impacto socio-econômico das pesquisas públicas.

Politicas de incetivo sobre dados abertos são menos estabelecidas do que aquelas sobre publicações. Elas são um princípio de base que devem ser adaptadas em função do domínio (medicina por exemplo ) e das realidades locais.

Iniciativas para promover ciência aberta para os pesquisadores são necessárias. É importante também desenvolver competências para gestão de dados.

O relatório menciona  os planos de  iniciativas sobre politicas do BRICS (Brasil, China e India) para ciênca aberta e data infraestrutura. É  importante para esses países porque a produção de conhecimento, pesquisa e desenvolvimento industrial estão em crescimento.

Desafios globais precisam também de um melhor acesso aos dados nacionais e consequentemente uma melhor cooperação  global.

O capítulo 2 apresenta o acesso aberto sobre publicações com o projeto “open citation advantage“, a duração do embargo em função das disciplinas e a porcentagem de artigos em  acesso livre, os diferentes meios do acesso livre, as novas métricas como Altmetrics e no final a importância da mineração de textos  e da propriedade intelectual. Aborda também o open peer review com a experiência do F1000Research.

O capítulo 3 destaca a situação dos dados abertos de pesquisa. A pesquisa científica é conduto pelos dados (data driven) e permite o desenvolvimento de experimentação como simulação com algaritmo, mesmo em domínio onde dados são menos incentivados. Os dados são também infraestrutura porque eles permitem a construção de vários sistemas para funcionar e responder as demandas de um painel de utilizadores. o Capítulo aborda também a citação de dados e a estrutura jurídica para compartilhar os dados.

O projeto ODE (Opportunity for Data Exchange) desenvolveu uma pirâmide para   visualizar as diferentes etapas da curadoria digital de dados.

O capítulo 4 apresenta a administração da ciência aberta : atores, tendências, e politicas. Os  governos  estabelecem incentivos para os dados governamentais abertos e infraestruturas como Data center, para estocar, curadoria e fornecer acesso nos dados.

A iniciativa do projeto europeu Openaire permite de fornecer um “cross-link” entre publicações , dados de pesquisas e esquemas de agência de amparo.

outros atores são citados como fundações e RDA (Research Data Alliance) criada em 2013 com apoio da NSF, NIST, união Européia e  governo da Austrália  para promover compartilhamento e reutilizabilidade dos dados . RDA é organizada com Working Groups e Interest Groups e tem agora 1600 aderentes de 70 países. O relatório citou também os editores comerciais como atores importantes

Tem  country notes : observações sobre a situação da ciência aberta em cada país no site Innovation Policy Platform  (ver as informações sobre Brasil)

Fonte : OECD (2015), “Making Open Science a Reality”, OECD Science, Technology and Industry Policy Papers, No. 25, OECD Publishing, Paris. http://dx.doi.org/10.1787/5jrs2f963zs1-en. Site Web https://www.innovationpolicyplatform.org/content/open-science.

 

Dados de pesquisa ligados a publicações: Uma comparação de 4 principais ferramentas

Os Dados illusblogdatareposioriesde pesquisa são os dados produzidos como objetivo de pesquisa cientifica :  significa dados como fatos, observações , imagens, programas de computador, gravações,  ou experiências para o  argumento, teoria ou teste de hipóteses. Esses dados podem ser brutos, limpos ou ja com tratamento processado,  pode ser realizado em qualquer formato ou mídia [1].

Dados abertos de pesquisas  fazem parte do movimento para o  acesso livre. Ver a declaração do Berlim : Berlin Declaration on Open Access (2003).

As universidades e os orgãos institucionais estão divulgando regras para a conservação digital e a divulgação dos dados (em acesso livre ou não) [2]. O Projeto DataCite ajuda na identificação de 484 repositorios de dados de pesquisa atraves da lista de repositórios de dados [3]. Ver também Databib ou lista da universidade de Oregon [4] . Esses dados estão ligados a publicações cientificas que vão usa-los para os fins de demonstração de novos resultados.

Os editores  também estão adotando políticas para que os dados de pesquisa que são usadas em publicações estejam disponíveis. Ver o  Joint Data Archiving Policy (JDAP) [5].
Escolhi 4 projetos internacionais  (Dryad, Figshare, Pangea, ICPSR)  para divulgar os dados de pesquisa.  Os dados são de 2013.

Nome Tipo de projeto Temáticas Número de depósitos Relações com editores
Dryad nonprofit organization Biociências 2521 data packages , 6888 data files dados são associados com artigos de 182 journais.por exemplo :
Figshare private (Digital Sciences) com parceirias com universidades Todas nd __
Pangea universitario/ união européia observação da Terra, dos oceanos é do atmosfere Dados de mais de 100 projetos arquivos do jornal Earth System Science Data (ESSD)
ICPSR Inter-universidade Ciencias socias nd nd

 

nd : não determinado

Nome Formato de dados Metadados Licença
Dryad

Planilha eletrônica, ficheros planos, imagens, mapas…

Pricing (1st September 2013)

 doi, titulo, jornal ,numero, volume, ano autores

, contato, résumo palavra-chave, nome taxonômico, localização geographica, geologia infomarção,titulo e descrição de dados, embargo

 Creative Commons Zero (CC0)
Figshare todos tipos : imagens (figure) Planilha eletrônica, dataset, midia, fileset, artigo, poster, presentação Titulo

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 Creative commons
Pangea todos tipos. Os arquivos são convertidas automaticamente AutoresTitulo

Descrição

palavra-chaves

Licença (diferentes CC)
identificação de projeto, instituição etc…

Artigo ligado : identificação com o DOI ou a citação completa

 Creative commons
ICPSR formatos formulario Specifico em  Accesso livre

 

[*] Dryad tem varias editores participantes

Accesso o documento no Google Docs 

[1] The University of Melbourne draft policy on the Management of Research Data
OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from Public Funding.

[2] Ten recommendations for libraries to get started with research data management. Liber Group. 2012

[3] Datacite.org

[4] Databib ou lista da universidade do Oregon

[5] Joint Data Archiving Policy (JDAP)